Virus je na D particiji folderima dodijelio atribute "skriven" odnosno "skriven sistemski operativni". To je ostalo kao posljedica stare zaraženosti virusom i novi čist sistem to neće promijeniti niti će antivirusni program tu nešto popraviti.
Postaće ti vidljivi ako izabereš i "čekiraš" opciju "Show hidden files, folders and drives" i "odčekiraš" opciju "Hide protected operating system files (Recommended)" kao na slici ispod:

Tada će ti sve što je skriveno postati vidljivo. Mogao bi onda kroz Command Prompt poskidati te atribute, ali mislim da je jednostavnije da povadiš dokumente koji ti trebaju, prebaciš ih na drugo mjesto u neke nove foldere, a ove stare kad isprazniš - pobrišeš. Kad završiš, vrati podešavanja na default vrijednosti.